Teito Klein is een voormalige slaaf die nu de militaire academie van het Barsburg-rijk bezoekt vanwege zijn vermogen om een soort onnatuurlijke kracht te gebruiken, Zaiphon. De vaardigheid is ongebruikelijk en daarom zeer gewaardeerd.
Teito lijdt aan geheugenverlies en heeft vaak vreselijke dromen. De nacht voorafgaand aan Teito de afstudeerproef en zijn enige vriend, Mikage, beloven dat ze elkaar nooit zullen verlaten. Teito hoort een dag later mensen over hem praten. Hij stopt met horen en begrijpt plotseling dat chef-staf Ayanami, de luidspreker, degene is die de man heeft vermoord die herkenbaar is in zijn fantasieën: de koning van het verwoeste Raggs-koninkrijk, zijn vader. Een van zijn ondergeschikten wordt afgeluisterd en probeert Ayanami aan te vallen, maar hij haalt Teito onmiddellijk neer en wordt naar de gevangenis gestuurd. Mikage komt hem helpen te ontsnappen en ontdekt dan dat Teito erin is geslaagd om alleen langs de bewakers te vechten. De twee vluchten door het creëren maar worden in het nauw gedreven op een balkon. Hoewel een Zaiphon-ontploffing hem verwondt, doet Ayanami Teito zich voor alsof hij Mikage gegijzeld heeft, waarna hij ontsnapt. Drie bisschoppen in het nabijgelegen 7e district vinden de gewonde Teito en beschouwen hem naar een nabijgelegen kerk om te herstellen, waar hij wordt beschermd vanwege de veiligheidswet van het 7e district.
Na verloop van tijd wordt ontdekt dat Teito het Oog van Mikhail neemt, een sterke talisman waarvoor zijn thuisland werd verwoest. Deze realiteit, samen met een reünie die noodlottig is, katapulteert Teito in een zoektocht naar wraak van het Barsburg-rijk en voor informatie over zijn eerdere. In één keer wordt hij door zijn positie als drager van het Oog van Mikhail in de langdurige strijd tussen de slechte Verloren de 07 Ghosts en zijn tegenstanders gegooid.
