Na het Seajacking-incident van de Tuatha de Danaan zijn de dingen weer normaal op de Jindai High School in Tokio, of net zo normaal als Sousuke Kaname bewaakt. Nadat ze hebben ontdekt wie Mithril heeft verraden en het seajacking-incident heeft veroorzaakt, worden Kurz en Mao op een uiterst geheime missie gestuurd om de verrader gevangen te nemen en terug te brengen.
De levens van Sousuke en Kaname staan op het punt te veranderen wanneer ze Leonard Testarossa ontmoeten, een hooggeplaatst lid van een mysterieuze groep genaamd Amalgam. Na hun ontmoeting waarschuwt Leonard haar dat hij alles zou doen om haar te rekruteren, ook al betekent dat oorlog in de straten van Tokio.
