Medaka Box

De verhaallijn volgt Medaka Kurokami, een magnetische en aantrekkelijke eerstejaars Hakoniwa Academy-leerling die met 98% van de stemmen is gekozen tot voorzitter van de Studentenraad. Ze behandelt deze petities op haar ongepaste manier en stelt met alle hulp van haar jeugdmaatje Zenkichi Hitoyoshi een ideeënbus in. In de loop van het verhaal worden de leidinggevende plaatsen van de studentenraad door haar verdeeld onder andere leerlingen zoals Mogana Kikaijima en Kouki Akune.

De Studentenraad leert dat de academievoorzitter van plan is een baan te starten om krachtig te experimenteren met routineleerlingen, het Flask Plan, Normals genaamd, zodat je ze in Abnormalen kunt veranderen, dat zijn mensen met bovenmenselijke krachten. De Studentenraad komt in conflict met andere leerlingen die bij de job betrokken zijn en infiltreert in het geheime laboratorium van de school.

Kort daarna daagt Misogi Kumagawa, die de studentenraad wil vervangen door een van zijn eigen Medaka, de studentenraad uit voor een kampioenschap. Van zijn krachten worden twee leerlingen ontsloten na de nederlaag van Kumagawa en voltooien hun transport naar Hakoniwa Academy. De 2 zijn over het algemeen sterker dan Abnormalen en worden "Not Equals" genoemd. Hun leider, Anshin'in, dreigt het Flask Plan opnieuw te starten zodra Medaka afstudeert, waardoor hun opvolgers worden opgeleid door de Studentenraad. Desalniettemin zou de juiste strategie van Anshin'in zijn om de status van voorzitter van de Studentenraad van Zenkichi Medaka toe te eigenen. Zenkichi slaagt en doet dit onder het voorwendsel het studentenleven te verbeteren. Hij overtuigt Medaka om het Flask Plan toe te staan ​​voor die mensen die niet onwillig zijn.

Medaka heeft haar verantwoordelijkheden als voorzitter van de studentenraad overgenomen en wordt binnenkort betrokken bij een kampioenschap om haar echtgenoot te bepalen. Medaka wordt de winnaar en kiest ervoor om met Zenkichi te trouwen nadat ze allebei zijn afgestudeerd en zelf zijn binnengekomen. Kort daarna verlaat de goede vriend Hansode Shiranui van Zenkichi de school. Zenkichi en Medaka ontdekken dat ze uiteindelijk een andere gastheer wordt voor Iihiko Shishime, een 5000 jaar oud wezen. Hij wordt verslagen door medaka en verdwijnt nadat hij de maan heeft verlaten van het neerstorten naar de aarde, gewoon om op tijd weer te verschijnen voor de eindejaarsdienst. Na haar terugkeer neemt ze de positie van haar vader in voor het conglomeraat van haar familiebedrijf, de Kurokami Group, om later terug te keren als de nieuwe voorzitter en Medaka besluit de academie te verlaten. Tien jaar later had Zenkichi zich opgewerkt tot de Kurokami Group en was hij een werker van hoog niveau geworden voordat hij zich met haar herenigde, waarbij beiden zwoeren nooit meer uit elkaar te gaan.