In AG 101 (het 101ste jaar van de Advanced Generation-kalender) valt een mysterieuze entiteit die alleen bekend staat als "UE", of "onbekende vijand", de ruimtekolonie Angel aan en vernietigt deze. Deze brute aanval wordt berucht als "The Day the Angel Fell", en markeert het begin van de oorlog van de mensheid om te overleven. De serie begint in AG 108 wanneer de UE de ruimtekolonie Ovan aanvalt, waar Flit Asuno nu woont nadat hij ontsnapte aan kolonie Angel voordat deze werd vernietigd. Flit's moeder, kort voordat ze wordt vermoord door de UE, geeft ze haar zoon een voorwerp genaamd "AGE Device". Daarin ontdekt hij de blauwdrukken voor een krachtig wapen uit het verleden - de oude messias genaamd "Gundam".
Op basis van deze blauwdrukken besteedt Flit de komende jaren aan het bestuderen van engineering aan een Earth Federation-basis op de Nora-ruimtekolonie en het ontwerpen van de Gundam AGE-1. Zeven jaar later, in AG 115, voltooit Flit de Gundam AGE-1 Normal, net zoals de UE Nora aanvalt, en gebruikt het om de bemanning van het slagschip "Diva" van de Federatie te helpen bij het evacueren van de inwoners van de kolonie voordat het wordt vernietigd. Vastbesloten om de strijd naar de UE te brengen omdat hij zijn huis twee keer heeft verwoest, stemt Flit ermee in om te dienen bij Diva's mobiele pakploeg die de Gundam bestuurt. Nadat ze voldoende gegevens en militaire macht hebben verzameld om een actie te ondernemen, lanceren de bemanning van Diva en hun bondgenoten een succesvolle aanval die het geheime fort van de UE in de Ambat-asteroïde vernietigt. Daar leren ze dat de UE eigenlijk de afstammelingen zijn van een zogenaamd mislukte menselijke missie die werd gestuurd om Mars te koloniseren, voor dood achtergelaten door de Earth Federation, die hun eigen natie vormde op de rode planeet genaamd Veigan.
