Van Wikipedia: Het verhaal speelt zich af in de moderne tijd en gaat over Miharu Rokujou, die gewoon een normaal leven wilde leiden en een Okonomiyaki-restaurant wilde erven. Op dit moment was zijn grootste probleem het voortdurende pesten van Kouichi Aizawa en Durandal Thobari Kumohira, die een Nindō (忍 道?, Letterlijk "Way of the Ninja") Club begonnen. Miharu wilde niets te maken hebben met "ninja's" en wijst ze elke keer af. Maar al snel wordt hij aangevallen door een echte groep ninja's en wordt hij beschermd door Kouichi en Kumohira. Daar leert Miharu over de verborgen ninjawereld Nabari, de rollen van zijn klasgenoot en leraar in die wereld, en van de geheime kunst Shinra Banshou (森羅 万象 Shinrabanshō ?, letterlijk "alle dingen in de natuur") in hem. De geheime kunst, die alle kennis van de wereld bevat, wordt fel begeerd in Nabari. En daardoor kan Miharu niet terugkeren naar zijn normale leven. Hij moet de "Heerser van Nabari" worden om te overleven. Van Baka-Updates: Rokujou Miharu was een ogenschijnlijk onwillige junior high student die in zijn eigen wereld leefde. In hem schuilde echter de ultieme kracht van Nabari, "Almachtig". Om zo'n opperste wapen te bezitten, zwoer de Wolf Pack van Iga om Miharu terug te brengen naar het dorp Iga. Aan de andere kant waren Miharu's leraar Engels, Kumohira sensei, en klasgenoot, Kouichi, de Banten-ninja's wiens missie het was om Miharu te beschermen. Zo begon er een oorlog over het bezit van “Almachtig”. Om te overleven moet Miharu de verborgen wereld Nabari betreden om koning te worden.
