De show begint met het introduceren van jeugdvrienden met een vrij krachtige en hechte kameraadschap Syaoran, een jonge archeoloog die een ruïne in Sakura onderzoekt, en het Kingdom of Clow, prinses van het Kingdom of Clow en dochter van wijlen koning Clow Reed. Wanneer Sakura en Syaoran in de ruïnes op bezoek komen, neemt haar geest het soort vleugels aan dat spookachtig is en in andere afmetingen uiteenvalt. Syaoran bevredigt de Dimensional Witch, Yuko Ichihara, aan wie hij om hulp smeekt om Sakura te behouden terwijl ze afdaalt naar een catatonische bijna-doodtoestand. Yuko kan worden gezien door twee anderen die elk hun specifieke wens hebben: Kurogane, een ninja die terug wil naar zijn huiswereld nadat hij door prinses Tomoyo uit zijn wereld is verbannen om hem in staat te stellen te begrijpen wat ware macht is; en Fai D. Flowright, een tovenaar die nooit wil terugkeren naar zijn huiswereld, Celes, om zijn koning Ashura-? te voorkomen. In ruil voor de kracht om de afmetingen te overschrijden, heeft Yuko nodig dat iedereen geld uitgeeft dat ze het meest waarderen: zijn zwaard Ginry wordt aangeboden door Kurogane ?; Fai en Syaoran bieden respectievelijk de tat aan die zijn enorme magische kracht en energie onderdrukt en alle herinneringen van Sakura die om hem vragen. Yuko levert vervolgens een dier genaamd Mokona Modoki dat het team op een reis langs de afmetingen stuurt op zoek naar Sakura's veren voor hen. Nadat ze de primaire veren heeft gekregen, begint Sakura haar herinneringen terug te winnen en ontwaakt uit haar catatonische toestand. Tijdens hun ervaringen komt de groep langzaam dichter bij het niveau dat ze door Fai gekscherend als familieleden worden bestempeld. Tijdens hun reis ontdekken ze dat de veren verschillende onnatuurlijke krachten zullen schenken aan degenen die ze bezitten en hun eigen unieke capaciteiten hebben.
Tijdens hun reis in Tokio ontdekt het team dat Syaoran in werkelijkheid een kloon is die doordrenkt is met het halve hart van de eerste Syaoran. Vele jaren geleden produceerde Fei de kloon om Sakura's veren te verzamelen en de goochelaar die ervoor zorgde dat haar herinneringen verloren gingen door Sakura, Wang Reed, nam de eerste Syaoran gevangen. Al snel na de eerste Syaoraanse pauzes van Fei-Wang de handhaving van, wordt zijn hart verloren door de kloon en wordt hij een marionet die de wil van Fei Wang volgt en het team verraadt. De eerste Syaoran voegt zich bij Sakura en wil de kloon redden tijdens de teamreis. Vooruitlopend op een andere waarin Fai de eerste Syaoran doodt die wordt aangestuurd door Fei-Wang the hex of, wordt Sakura neergestoken in zijn gebied, maar in een keer verdeelt ze ziel en haar lichaam, en levert ze elk aan Seresu verschillende werelden en respectievelijk de Droomwereld. In de Dream World wordt Sakura's ziel vernietigd door de Syaoran-kloon wanneer hij probeert de veren te pakken. Voordat haar ziel vergaat, laat Sakura zien dat ze een kloon is van de eerste Sakura die ook door Fei Wang gevangen was genomen. Fei Wang heeft vervolgens het lichaam van Sakura nodig om de opgeslagen energie te gebruiken. Het team vertrekt om de twee Sakura's te redden van Yuko dat ze begrijpen dat Fei Wang zich binnen een alternatieve meting bevindt in het Kingdom of Clow. Een dergelijke meting die parallel loopt, is het effect van Syaoran's wens om de eerste Sakura te beschermen tegen Fei Wang's vloek jaren geleden. Om aan zijn behoefte te voldoen, werd Syaoran de gevangene van Fei Wang en Kimihiro Watanuki, de helper van Yuko, werd gebruikt om Syaoran op de achtergrond in zijn eerste wereld te vervangen.
Het team vecht tegen Fei Wang die de Syaoran-kloon ruïneert als hij hem verraadt. Vervolgens gebruikt hij de kracht van de twee Sakura's en de onmetelijk machtige kracht om Yuko weer tot leven te wekken, die per ongeluk in de tijd bevroren is door Clow Reed haar vertrek te voorkomen, waarbij hij zichzelf Clow's niet minderwaardig bevestigt. Yuko gebruikt de magie van Clow als betaling en haar bestaan om ervoor te zorgen dat de klonen eerder herboren werden om bij elkaar te wonen. Zoals de 2 begrijpen dat alle gebeurtenissen van de reeks zouden terugkeren, worden ze zelf verzegeld door de klonen vóór het conflict tegen hem in de winkel van Yuko. Het team slaagt erin om Fei Wang te vernietigen, die Syaoran in een leegte tussen gebied en tijd opsluit en zowel Watanuki als zijn kloon als resultaat van de link meesleept. Met het vertrek van hun schepper verdwijnen beide klonen van Syaoran en Sakura en laten twee veren achter. Watanuki en Syaoran ontsnappen in de leegte om een prijs te krijgen: Syaoran moet doorgaan terwijl Watanuki in de winkel van Yuko blijft en de metingen voor eeuwig doorloopt. Waar Fai, Kurogane en Mokona ervoor kiezen om zich opnieuw bij Syaoran aan te sluiten in de verwachting dat ze een middel krijgen om de klonen te herstellen die overblijven als de twee veren, rust het team in het Kingdom of Clow. Voordat ze op hun verschillende wegen vertrekken, geven Sakura en Syaoran hun nauwe, wederzijds krachtige en pure intieme liefde voor elkaar toe, zoals ze verwachten weer te vervullen.
