Op het afgelegen eiland Rokkenjima, eigendom van de rijke en machtige familie Ushiromiya, beginnen mysterieuze moorden te gebeuren zoals beschreven op het grafschrift van de Golden Witch Beatrice, wiens bestaan voortdurend wordt ontkend door Battler Ushiromiya.
Wanneer Beatrice een overwinning tegen Battler verzuimt, verliest ze de wil om door te gaan en trekt ze zich terug. Terwijl Battler wacht tot ze wakker wordt, verwoesten de heksen Bernkastel en Lambdadelta het spelbord en het lot van degenen op Rokkenjima. Wanneer Battler opnieuw in het spel komt om het bord voor Beatrice terug te nemen, ontdekt hij dat de omstandigheden zijn veranderd.
In 1986 voegde rechercheur Erika Furudo zich bij de inwoners van Rokkenjima en benaderde de moorden vanuit een "mysterie" perspectief in tegenstelling tot Battler's benadering van "anti-fantasie" en het ontkennen van magie. Terwijl Erika's onderzoek begint, komen de gevolgen van Natsuhi Ushiromiya's eerdere acties met betrekking tot een aanbod van het familiehoofd, Kinzo, naar voren.
