Samengevat
In 2065 bevindt de aarde zich in het middelpunt van een oorlog met extra-dimensionale buitenaardse wezens genaamd Nova. De strijdkrachten ontwikkelen en trainen Pandora's, dochters die gebruik kunnen maken van speciaal genetisch weefsel genaamd Stigmata (Seikon) om bovenmenselijke gevechtswapensystemen en vaardigheden te tonen. De Pandora's worden ondersteund door mannelijke partners, Limiters genaamd, die bepaalde "bevriezende" krachten gebruiken om de vrijheid van hun concurrentie te beperken.
Elk van deze begrenzers is Kazuya Aoi, wiens overleden zus een Pandora was. Kazuya ontmoet een sterke Pandora, Satellizer el Bridget, bijgenaamd de onaanraakbare koningin, over haar gevoelloze stijl en extreme aphefobie tijdens het bijwonen van de West Genetics Academy in Japan. Ondanks waarschuwingen van zijn klasgenoten om uit de buurt van Satellizer te blijven, raakt ze bevriend met Kazuya en vraagt ze om haar Limiter te zijn. Satellizer stemt ermee in om met hem om te gaan, ook al valt ze al snel in een liefdeswedstrijd genaamd Rana Linchen, die gelooft dat Kazuya haar soulmate is nadat ze haar heeft gesteund tijdens verschillende gevechten tegen universiteitstegenstanders van veranderende posities en cursussen. Wanneer de Nova's hun college aanvallen met behulp van Pandora's onder hun controle om toegang te krijgen tot het ondergrondse laboratorium van de instelling, wordt hun concurrentie uitgeschakeld.
Satellizer en Kazuya voegen zich bij een paar leerlingen van West Genetics in een laboratorium in Alaska, waar ze kunnen helpen bij de Evolution Pandora (E Pandora) -taak, waardoor normale vrouwen stigmata-transplantaties kunnen krijgen om Pandora's te worden. Als een van de E Pandora's gek wordt, vragen de anderen zich af of de medicijnen in het experiment niet gevaarlijk zijn, maar gemaakt zijn om te gehoorzamen aan de wensen van zowel de bedrijfsorganisatie als de manager. Bij het ontdekken dat totdat ze vervangbaar zijn, ze moeten worden gebruikt, leidt de E-Pandora Amelia Evans een opstand die escaleert tot een volledige op Nova Clash.
Kazuya komt meer te weten over de banden van zijn familie met zowel de Nova als de Pandora. Kazuya's opa Gengo Aoi vond dezelfde baan, waardoor Rana en Satellizer deel uitmaken van een uniek team met vrouwen genaamd Valkyries. Desalniettemin, tijdens de demonstratieactiviteit met op maat gemaakte Nova die dummy is, worden waanvoorstellingen ervaren door de Pandora's, en de dummy Nova's worden een legioen van honderden Nova die genetica decimeren. Gengo gaat dit tegen door de legendarische Pandora's los te laten, de tantes van Kazuya. De Chevalier probeert Gengo te vermoorden met behulp van verschillende veroordeelden, de Busters genaamd, wanneer een paar van de legendarische Pandora's veranderen in dodelijke Nova's, maar de opdracht mislukt.