Er was een parallel universum genaamd Gamindustri. Lang geleden, in Gamindustri, vond een groot incident plaats. Maar de samenzwering van de hard gedreven godinnen van de 4 continenten, verpletterde het en bracht vrede. Dit is het verhaal van wat er gebeurde nadat de godinnen het incident hadden opgelost.
Gebaseerd op de ps3-gameserie, prikkelen de games verschillende feiten en details van de game-industrie; zelfs tot het punt waarop de namen van karakters worden beïnvloed. "Neptunia" is bijvoorbeeld een verwijzing naar de nog niet uitgebrachte "Neptune" van de Sega.
